Postępy Higieny i Medycyny Doświadczalnej zostały założone w 1949 r. jako organ Państwowego Zakładu Higieny. We wstępie od redakcji jako uzasadnienie powstania pisma czytamy, iż postępy w nauce wymagają współpracy uczonych różnych specjalności. „Znaczenie nauk podstawowych wzrosło niepomiernie, a tym samym wzrosła konieczność śledzenia za bardzo wieloma gałęziami wiedzy. Przekracza to jednak możliwości nawet specjalisty. Artykuły w czasopismach naukowych orientują na ogół specjalistów, ale są często niedostępne, a nawet niezrozumiałe dla badaczy gałęzi pokrewnych. Zaradzić temu mogą monografie o charakterze syntetycznym: badaczowi przyniosą korzyść podając wykaz fachowego piśmiennictwa, szerszym masom czytelników dadzą przegląd problematyki”.
Pierwszym redaktorem naczelnym był prof. Ludwik Hirszfeld ówczesny przewodniczący Rady Naukowej PZH. Redakcja czasopisma mieściła się od początku we Wrocławiu, gdzie w Zakładzie Mikrobiologii Akademii Medycznej przy ulicy Chałubińskiego 4 pracował sekretarz redakcji prof. Henryk Makower (mikrobiolog). Tom pierwszy zawierał referaty programowe wygłoszone na IX Zjeździe Mikrobiologów i Epidemiologów we Wrocławiu i na Zjeździe RN PZH w Warszawie, który odbył się w październiku 1948 r. Numer otwierała przedmowa L. Hirszfelda, a pierwszym artykułem w historii PHMD było omówienie chorób zakaźnych w Polsce autorstwa prof. Feliksa Przesmyckiego.
W tomie trzecim ukazała się praca „Działanie akryflawiny na drożdże” Borisa Ephrussiego i Piotra Słonimskiego z Instytutu Genetycznego Centre National de la Recherche Scientifique i Instytutu Biologii Fizykochemicznej w Paryżu. Była to ważna praca, zawarto w niej wyniki czteroletnich badań nad komórkami drożdży, w poszukiwaniu mechanizmów ich oddychania z zastosowaniem metodyki genetycznej. „To Piotrowi Słonimskiemu i naturalnie samemu Hirszfeldowi zależało, aby tej rangi francuski naukowiec, co Ephrussi, pojawił się w polskim wydawnictwie. W przypadku Słonimskiego pośrednio ważne też było, że Wrocław był lwowski w swym powojennym uniwersyteckim i ogólnie naukowym rodowodzie.” [z opowieści o Piotrze Słonimskim: R. Jarocki, „Genetyk i historia”, Rosner&Wspólnicy, Warszawa 2003, s. 170-171).
Czasopismo wydawane było przez Państwowe Zakłady Wydawnictw Lekarskich początkowo jako rocznik w stosunkowo dużym nakładzie 2000-3000 egz.. Wyjątkowo w latach 1951 i 1953 wydano po dwa tomy (i dlatego liczba tomów PHMD jest o dwa większa niż liczba lat wydawania czasopisma). Od tomu siódmego (1953) Postępy Higieny i Medycyny Doświadczalnej stały się kwartalnikiem Polskiej Akademii Nauk a redakcja pracowała w nowo organizowanym Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej we Wrocławiu. Po śmierci L. Hirszfelda (1954) redaktorem został prof. Hugon Kowarzyk – znany patofizjolog (od 1956 r.). Od 1958 r. PHMD wychodziły jako dwumiesięcznik, a drugim redaktorem został prof. Kazimierz Dux (patofizjolog i onkolog) zastąpiony w 1963 r. przez prof. Mariana Mordarskiego (mikrobiolog). Ten ostatni został redaktorem naczelnym w 1968 r. i pełnił tę funkcję przez 35 lat, aż do śmierci w 2003 r. Przez długie lata (1968-1992) sekretarzem, a później zastępcą redaktora był prof. Henryk Matej (immunolog).
Od 1974 r. redakcja mieści się w nowej siedzibie Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN przy ul. Rudolfa Weigla 12. W trudnych politycznie (1982 r.) i finansowo (1990 r.) latach czasopismo wydawało zeszyty łączone, aby nadrobić znaczne opóźnienia. W następnych latach można już było wydawać PHMD w regularnych dwumiesięcznych odstępach. Upowszechnienie Internetu i duże możliwości jakie daje elektroniczna forma przekazu zadecydowały o zmianie sposobu wydawania czasopisma od tomu 58 (2004 r.).
W grudniu 2003 roku ukazał się ostatni zeszyt Postępów Higieny i Medycyny Doświadczalnej w postaci drukowanej. Zmiana formy wydawniczej na wyłącznie elektroniczną, umożliwiła szerszy i łatwiejszy dostęp do publikowanych prac, skrócenie procesu wydawniczego, zniesienie ograniczeń w zakresie objętości prac oraz kolorystyki ilustracji. Od roku 2004 redaktorem naczelnym czasopisma jest prof. Irena Frydecka.
W roku 2010 Postępy Higieny i Medycyny Doświadczalnej dzięki staraniom Redakcji czasopisma znalazły się na Liście filadelfijskiej (Journal Citation Report) i otrzymały po raz pierwszy oficjalnie wyliczony Impact Factor.
Obecnie czasopismo publikowane jest przez wydawnictwo Sciendo (https://sciendo.com/journal/AHEM) pod podwójną nazwą – polsko- i anglojęzyczną (Advances in Hygiene and Experimental Medicine).